• 题目:Preferential retention of homeologs from a single parental subgenome after polyploidy is shaped by functional interactions and dosage-based intrinsic selective constraint
  • 时间:2018 年 06 月 27 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
  • 地点:YouTube live stream
  • 主讲人:郝樾 (Yue Hao) (North Carolina State University)

全基因组多倍化被认为在植物的演化以及被驯化的过程中起到重要的驱动作用。当亚基因组来自不同物种时,即在异源多倍体(allopolyploidy)中,多拷贝基因会发生不平等的丢失(biased fractionation):来自某一亚基因组的基因更有可能存留(least fractionated subgenome),而其他的拷贝更易在进化过程中丢失。
本次报告将介绍 一个基于Markov模型和似然估计的工具: POInT (the Polyploid Orthology Inference Tool)。POInT可以从统计意义上提供biased fractionation 现象存在的证据。我将以拟南芥祖先的一次全基因组复制(At-α)为例来展示POInT的运用与分析结果。
另外,在拟南芥属与芸薹属分化之后,芸薹属的祖先经历了基因组三倍化(Br-α)。通过对At- α与Br-α这两组多倍化事件的共同分析,我们发现了自然选择压力的强度在存留的多拷贝和单拷贝基因中的不同。此差异在物种水平以及种群水平都存在。通过拟南芥代谢网络,我们试图用基因剂量平衡假说来解释基因组多倍化后基因拷贝的丢失或存留。
原文详见:
Emery et al. 2018
Hao et al. 2018

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