首页
学术报告
人物专访
专题讨论
组织管理
讨论列表
大事记
加入我们
Posts
2024-01-01
2 / 25
学术报告
07-25-2023 使用 Bambu 从长读长 RNA-seq 数据进行上下文感知的转录本定量
2023-07-25
大多数转录本定量方法都依赖于固定的参考注释, 然而,转录组是动态的。静态注释通常会包含某些基因的非活性异构体(isoform),而对于其他一部分基因来说静态注释又是不完整的。在这里,我们介绍了 Bambu,一种基于机器学习发现长读转录组基因测序数据中转录本异构体并进行实时量化的方法。为了识别新的转录本,Bambu 发明了一种新的参数(NDR), 相比之前任意的每个样本阈值,具有单个、可解释的、精确……
学术报告
07-12-2023 基于图泛基因组的谷子种质资源挖掘与应用
2023-07-12
基因组研究对作物群体遗传、功能基因组、育种应用具有重要意义。近年来随着测序技术和生信方法的快速发展,泛基因组、图基因组研究引起学界广泛关注。如何利用泛基因组、图基因组高效挖掘利用种质资源,对作物功能基因组研究和育种改良具有重要意义。本研究基于110个de novo组装的基因组,系统解析了谷子驯化改良过程,构建了谷子第一个高质量图基因组,并利用该图基因组对谷子68个性状226组表型进行了全基因关联分……
学术报告
07-06-2023 医疗系统规模的大语言模型——临床预测瑞士军刀
2023-07-06
医生每天需要做重要的、时间紧迫的决定。临床预测模型可以通过预测临床和运营事件来帮助医生和医院管理者。现有的基于结构数据的模型因其在数据处理、建模和落地的复杂性导致日常工作中使用有限。我们发现电子健康记录(EHR)里的非结构性病历文档让训练医疗语言模型变可能,并能将其用作多用途的、低阻建模和落地的临床预测引擎。我们的方法发挥了最近自然语言处理的进步来训练一个用于医疗语言的大语言模……
学术报告
07-05-2023 Hybrid origin of a primate, the gray snub-nosed monkey
2023-07-05
种间杂交在物种及表型的多样性演化中有着重要促进作用,然而人们关于种间杂交在哺乳动物多样性演化中所扮演的角色和认识仍然非常有限。在本研究中,我们报道了金丝猴属物种间的古老杂交直接导致一个新物种产生的演化事件。分析结果表明,在金丝猴属的5个近缘物种中地理分布最孤立的黔金丝猴基因组呈现出大量的遗传组分混合信号,这些组分分别来自川金丝猴亲本与滇金丝猴和怒江金丝猴祖先群这一亲本。进一步的,我们发现杂交起源的……
学术报告
06-28-2023 GAEP:一款全面的基因组组装评估工具
2023-06-28
随着测序技术的快速发展,特别是第三代测序技术的成熟,已发表基因组组装的数量和质量都获得了显著的提高。这些高质量基因组的出现对基因组评估提出了更高的要求。尽管已经开发了许多评估方法以从不同角度评估基因组组装质量,但选择性地使用这些评估方法可能是随意的,并且不方便用于不同项目基因组的横向比较。为了解决这个问题,我们开发了基因组组装评估流程(GAEP),它提供了一个全面的评估流程,从连续性、完整性和正确……
学术报告
06-24-2023 多肽辅助的基因编辑系统对原代细胞的高效编辑
2023-06-24
如何向原代细胞高效、简单、低创地递送CRISPR基因编辑系统在当前仍然面临挑战。我们建立了一种经过改进的Peptide-Assisted Genome Editing(PAGE)CRISPR–Cas系统,用于快速、强力地编辑原代细胞,且毒性极小。只需要将具有细胞穿透性的Cas9或Cas12a和细胞穿透性的内体逃逸肽与细胞共同孵育30分钟,便可实现强力的单个和多重基因编辑。与电穿孔法不同,PAGE基……
学术报告
CGM第234期:单细胞核转录本测序揭示大脑中复杂外显子连接谱
2022-04-15
单细胞核RNA测序技术已广泛应用于不同物种的不同组织器官的单细胞研究,其不依赖于活细胞的特性对于冷冻保存以及难以分离出单细胞的样品显得尤为重要。然而与单细胞测序技术相比,其转录组中所含有的大量未剪切以及缺少barcode的cDNA分子序列会对于剪切异构体(isoform)研究产生不可忽略的影响。为了解决上述问题,我们通过结合目标性扩增包含有barcode的cDNA序列、外显子组富集以及高通量长片段……
学术报告
CGM 第231期: 斑马鱼多能转录因子调节母体到合子转换机制
2022-04-08
动物胚胎的早期发育起始于母源-合子转换(Maternal to Zygotic Transition, MZT),卵细胞中积累的母源mRNA和蛋白质让胚胎发育经历了一段转录沉默的阶段。随后母源的特殊转录因子会激活合子的转录。这些特殊的转录因子被称为先驱转录因子。斑马鱼胚胎的母源-合子转换需要母源转录因子Pou5f3和Sox19b,我们通过分析它们的单突变体和Pou5f3和Sox19b的双突变体,揭……
学术报告
03-31-2022 Likelihood based Mendelian randomization analysis with automated instrument selection and horizontal pleiotropic modeling
2022-03-31
Mendelian randomization (MR) is a common tool for identifying causal risk factors underlying diseases. Here, we present a method, MRAID, for effective MR analysis. MRAID borrows ideas from fine……
学术报告
植物没有DNA甲基化后,会变成什么样?
2022-03-30
无论是哺乳动物还是植物,其基因组上胞嘧啶碱基第5个碳原子上都存在一种叫做甲基化的表观遗传修饰。不同于哺乳动物的DNA甲基化,其主要发生在CG位点,植物的DNA甲基化更加复杂,它可以发生在CG、CHG和CHH位点(其中H是除C以外的任何碱基)。拟南芥等多种模式植物的研究,使我们对于DNA 甲基化的建立和遗传机制有了广泛而深入的认识。但是,至今我们还不确定: (1)有多少个DNA甲基化转移酶参与维持拟……
««
«
1
2
3
…
25
»
»»