学术报告

CGM 第213期: 基因组研究揭示亚洲热带原住民身世之谜

2022-02-02

如果说现代人类的演化是一部辉煌的史书，那么东南亚必定是其中不可或缺的重要篇章。东南亚地处连结亚洲和大洋洲、印度洋和太平洋的交通要道，且人口稠密，聚集了世界上现存的大多数原住民族群。近年来，以东南亚为中心广泛分布的亚洲热带原住民族群逐渐引起了人类学、遗传学、考古学等领域学者的重视，成为研究现代人类跨时空迁徙、融合并不断适应新环境的复杂过程的重要突破口。 […] Lian Deng#,……

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CGM-212期-单细胞测序技术的发展和细胞图谱

2022-01-27

细胞是生物结构和功能的基本单位。显微技术和流式技术等常用细胞研究技术都是根据细胞的一个或少数几个特征进行细胞鉴定和细胞分类，无法系统的研究组织内细胞的状态和分化路径。单细胞转录组测序、单细胞基因组测序、单细胞表观组测序，单细胞多组学等技术的出现和发展提供了全面刻画细胞状态的强大工具。我们开发了scDNase-seq分析染色质可及性的细胞异质性, 建立scPolyA分析 polyA 使用的细胞异质……

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CGM 第209期: 人类常见性状和疾病的遗传特征和基因定位研究

2022-01-20

人类的形态和行为特征以及疾病风险往往都受到许多遗传和环境因素的影响，从而表现出复杂的遗传特征，因而也被称为复杂性状。破解复杂性状的遗传机制对于人类健康至关重要。在本次演讲中，我将展示如何利用人群大队列数据来揭示人类复杂性状和疾病的遗传特征，并从进化生物学的角度解释这种遗传机制形成的原因。我还将展示如何通过整合人群大队列遗传学和多组学数据，定位影响复杂性状和疾病的基因，并推断可能遗传调控机制。……

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CGM-209-家养动物基因型-组织表达数据库(FarmGTEx)项目介绍

2022-01-20

在过去的十几年里，全基因组关联分析（GWAS）为我们揭示了大量影响复杂性状和疾病的遗传变异位点。然而，这些位点大多数落在了基因组的调控区域，影响了下游分子机制的解析。因此，需要我们从系统遗传学（system/integrative genetics）的角度去研究遗传变异是如何通过调控一系列中间分子表型（基因表达，可变剪切，蛋白，代谢物和微生物），从而影响最终表型（复杂性状或疾病）。Farm……

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利用单碱基编辑技术开发多细胞谱系追踪的方法及其应用

2022-01-19

进化论表明地球现今物种起源于一个共同祖先，系统发育学形象地把物种演化过程描绘成一棵树——系统发育树。无独有偶，多细胞个体的发育通常起源于一个共同祖先细胞——受精卵，通过受精卵不断地分裂和分化，最终形成一个组织分明秩序井然的生物体，这个过程同样也可以形象地描绘成一棵树——细胞谱系发生树。与经典的荧光标记方法不同，利用体细胞突变信息进行细胞谱系追踪的策略，在时间尺度上更加持久，可以持续多细胞个体发育……

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胞嘧啶碱基编辑器脱靶检测技术的开发

2022-01-06

胞嘧啶碱基编辑器（CBE），是一种可以在不产生DNA双链断裂的情况下靶向地将基因组DNA中的C突变为T的新型基因编辑工具。CBE的出现为众多遗传病的治疗带来了潜在的可能，但是在全面推向临床应用前需要对其可能会产生的脱靶效应进行评估。在CBE催化C脱氨最终转变为T的过程中会产生中间产物脱氧尿嘧啶（dU），因此可以通过检测dU从而获得CBE的脱靶位置。本研究开发了以检测CBE产生dU为目标，同时增……

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以盾片蛇菰为例浅谈寄生植物的线粒体基因组进化

2022-01-05

为了适应寄生生活，寄生植物产生了营养器官退化、叶绿素丢失、个体缩小等形态上的改变。形态是基因组信息的外现，因此在这一过程中，植物细胞里的核、质体和线粒体基因组将首当其冲接受自然选择和漂变等力量的冲刷。多项研究表明，寄生植物的核与质体基因组都经历了大规模的基因丢失，而后者更有A+T含量升高、基因组缩小、基因替换速率急剧上升等其他趋同的表现。然而，由于线粒体是真核细胞产能之所在，其重要性限制着有害变化……

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CGM 第208期: 新書分享《植物学家的野外考察手记》-东南亚之旅

2022-01-05

《植物学家的野外考察手记》的作者，多年来在五大洲的20多个国家野外考察，探索人类未知的植物新种、植物多样性和演化。作者用日记真实记述了一个个植物新种的发现过程——走过泥泞的小路、穿过2米多高的草丛、蹚过湍急的河流、在几十米的峭壁上靠一根绳索攀爬、……摔伤、碰到毒蛇、被蚂蟥叮咬而血流不止、受蜱虫威胁、遭遇毒贩都是家常便饭。他也用日记真实地记述了大山中山民的真实生活，为他们的美食感叹，也思考自己可以为……

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CGM 第205期:利用336份重测序数据及GWAS解析海岛棉谱系演化以及对纤维品质、产量和抗性的选择

2021-12-22

海岛棉是世界上最优良的棉纤维，其热胀冷缩的性能突出，有“羊绒质感，丝绸光泽”的美誉。海岛棉纤维非常细长，因此又称为长绒棉，强度也特别高，是纺织纤维的上上品。以海岛棉织造的衣服色彩亮丽鲜明、吸湿和脱湿快、有极佳的触感及良好的透气性与吸汗力；海岛棉织物坚牢耐磨，洗涤时缩水不超过1%，能够洗涤和在高温下熨烫；抗皱、起球性能优于其他棉织物。海岛棉原产南美热带和西印度群岛、中美洲和加勒比地区。最早广泛栽培……

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CGM 第206期: 基于全球生物数据库的多基因风险评分在不同群体中的经验分析

2021-12-22

多基因风险评分（PRS）目前广泛地应用于预测复杂性状的遗传组分以及复杂疾病的遗传风险等方面。本文基于对来自不同人类种群的全球数据库的meta分析，用不同的方法构建PRS，探索PRS在不同群体中的预测效能以及实践方法。 […] Wang, Y., Namba, S., Lopera-Maya, E.A., Kerminen, S., Tsuo, K., Lall, K.,……

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