学术报告

06-24-2023 多肽辅助的基因编辑系统对原代细胞的高效编辑

2023-06-24

如何向原代细胞高效、简单、低创地递送CRISPR基因编辑系统在当前仍然面临挑战。我们建立了一种经过改进的Peptide-Assisted Genome Editing（PAGE）CRISPR–Cas系统，用于快速、强力地编辑原代细胞，且毒性极小。只需要将具有细胞穿透性的Cas9或Cas12a和细胞穿透性的内体逃逸肽与细胞共同孵育30分钟，便可实现强力的单个和多重基因编辑。与电穿孔法不同，PAGE基……

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CGM第234期：单细胞核转录本测序揭示大脑中复杂外显子连接谱

2022-04-15

单细胞核RNA测序技术已广泛应用于不同物种的不同组织器官的单细胞研究，其不依赖于活细胞的特性对于冷冻保存以及难以分离出单细胞的样品显得尤为重要。然而与单细胞测序技术相比，其转录组中所含有的大量未剪切以及缺少barcode的cDNA分子序列会对于剪切异构体（isoform）研究产生不可忽略的影响。为了解决上述问题，我们通过结合目标性扩增包含有barcode的cDNA序列、外显子组富集以及高通量长片段……

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CGM 第231期: 斑马鱼多能转录因子调节母体到合子转换机制

2022-04-08

动物胚胎的早期发育起始于母源-合子转换(Maternal to Zygotic Transition, MZT)，卵细胞中积累的母源mRNA和蛋白质让胚胎发育经历了一段转录沉默的阶段。随后母源的特殊转录因子会激活合子的转录。这些特殊的转录因子被称为先驱转录因子。斑马鱼胚胎的母源-合子转换需要母源转录因子Pou5f3和Sox19b，我们通过分析它们的单突变体和Pou5f3和Sox19b的双突变体，揭……

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03-31-2022 Likelihood based Mendelian randomization analysis with automated instrument selection and horizontal pleiotropic modeling

2022-03-31

Mendelian randomization (MR) is a common tool for identifying causal risk factors underlying diseases. Here, we present a method, MRAID, for effective MR analysis. MRAID borrows ideas from fine……

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植物没有DNA甲基化后，会变成什么样?

2022-03-30

无论是哺乳动物还是植物，其基因组上胞嘧啶碱基第5个碳原子上都存在一种叫做甲基化的表观遗传修饰。不同于哺乳动物的DNA甲基化，其主要发生在CG位点，植物的DNA甲基化更加复杂，它可以发生在CG、CHG和CHH位点（其中H是除C以外的任何碱基）。拟南芥等多种模式植物的研究，使我们对于DNA 甲基化的建立和遗传机制有了广泛而深入的认识。但是，至今我们还不确定：（1）有多少个DNA甲基化转移酶参与维持拟……

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综合多组学数据和分析揭示康乃馨关键观赏性状的调控通路

2022-03-23

本研究对康乃馨栽培品种‘斯嘉丽’（ D. caryophyllus, cultivar‘Scarlet Queen’）进行了全基因组测序和组装。康乃馨（2n=30）的基因全长为636.30 Mb，重复序列占70.62%，共注释到43,925个基因，Contig N50 为14.67 Mb。研究发现康乃馨与藜科在~64.07 MYA发生了分化，并经历了一次近期的WGT事件，这次加倍事件促进了康乃馨特……

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用Pore-C技术检测拟南芥基因组多位点互作及关联甲基化修饰信息

2022-03-16

随着高通量测序技术的发展，大量基于二代测序的组学研究技术被陆续开发，人们得以从多个层面了解基因组的组成、结构与功能。染色质捕获技术（Chromosome conformation capture）通过对染色质进行酶切和邻近连接得到的嵌合体序列进行测序，获得染色质互作信息，从而解析基因组的三维结构。其中，Hi-C和ChIA-PET是应用最广的基因组水平染色质捕获技术。Hi-C和ChIA-PET技术在……

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温带禾草（早熟禾亚科）系统发育关系及其适应性演化

2022-03-09

被子植物对低温环境的适应在植物演化历程中多次出现。特别是自始新世中期至渐新世晚期（～46－27个百万年前）全球古气候持续大幅降温，促使热带植物类群的收缩和温带物种的扩张。尽管现存被子植物中温带植物分布在不同分支或科（如虎耳草科、十字花科、菊科），但是被子植物在温带地区成功适应并广泛分布甚至多样化并不普遍。为此，认识温带植物在演化过程中是如何适应温带环境并在该地区繁荣具有重要的意义。早熟禾亚科（常称……

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217 基于单细胞甲基化的小鼠脑细胞图谱

2022-02-23

Mammalian brain cells show remarkable diversity in gene expression, anatomy and function, yet the regulatory DNA landscape underlying this extensive heterogeneity is poorly understood. Here we carry……

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植物独特的转录机制：两种RNA聚合酶高效协作合成双链RNA的转录机制

2022-02-16

DNA甲基化通过影响基因的表达来维持基因组的稳定性。在植物中，DNA依赖的RNA聚合酶IV（Pol IV）与RNA依赖的RNA聚合酶2（RDR2）协作合成DNA甲基化建立和维持所必需的双链小干扰RNA。我们解析了植物RNA聚合酶Pol IV-RDR2全酶和Pol IV-RDR2转录回溯延伸复合物结构冷冻电镜结构。研究结果展示了真核生物第四个RNA聚合酶的三维结构和首例两种RNA聚合酶（Pol IV……

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