• 时间:2017 年 9 月 27 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
  • 地点:YouTube live stream
  • 主讲人: 区树俊 (MSU)
  • 题目:Characterization of non-canonical LTR retrotransposons in plants

植物中的非典型LTR转座子

作为真核生物基因组的主要成分,转座子(transposon)可谓是无处不在。由于转座子的结构和序列多样性,准确鉴定转座子仍然是一项挑战性的工作。植物基因组中占比最高的要数长末端逆转录转座子(Long terminal repeats retrotransposon, LTR-RT),其基因组含量可高达75%(玉米)。这次我将会简单讲一下我开发的软件LTR_retriever,用于快速准确地鉴别完整的LTR-RT。通过扫描50个已发表的植物基因组,我发现了一些低频、非典型的LTR-RT。这里将着重讲一下这些转座子的特性,以及由此衍生出的新发现。

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